A coordenação do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária é exercida pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária — Anvisa. Não há uma relação de subordinação entre os entes federativos, mas sim a pactuação e o compartilhamento de competências entre as instâncias, sob a ótica da solidariedade e da responsabilidade.

Da mesma forma, o Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde — INCQS — atua como órgão de referência nacional para controle da qualidade de insumos, produtos, ambientes e serviços vinculados à vigilância sanitária. Tem o papel de assessorar os Laboratórios Centrais de Saúde Pública — Lacens — sobre metodologias analíticas, questões tecnológicas e normativas.

No âmbito do Sistema Nacional de Vigilância Sanitária, em linhas gerais, compete à União: definir a política nacional de vigilância sanitária; definir o Sistema Nacional de Vigilância Sanitária; normatizar, controlar e fiscalizar produtos, substâncias e serviços de interesse para a saúde; exercer a vigilância sanitária de portos, aeroportos e fronteiras, podendo essa atribuição ser supletivamente exercida pelos estados, pelo Distrito Federal e pelos municípios; acompanhar e coordenar as ações estaduais, distrital e municipais de vigilância sanitária; prestar cooperação técnica e financeira aos estados, ao Distrito Federal e aos municípios; atuar em circunstâncias especiais de risco à saúde; e manter sistema de informações em vigilância sanitária, em cooperação com os estados, o Distrito Federal e os municípios, entre outras.

Aos estados, compete coordenar, executar ações e implementar serviços de vigilância sanitária em caráter complementar às atividades municipais e prestar apoio técnico e financeiro aos municípios. Na execução de atividades de sua competência, o estado poderá contar com a cooperação dos municípios. A esses entes, no cenário de descentralização das ações de saúde preconizada pelo SUS, cabe, pois, executar ações e implementar serviços de vigilância sanitária, com a cooperação técnica e financeira da União e dos estados.