As ações de vigilância em saúde são financiadas pelos três níveis de governo. Os recursos federais transferidos para estados, Distrito Federal e municípios para financiamento das ações de Vigilância em Saúde estão organizados no Bloco Financeiro de Vigilância em Saúde e são constituídos por 2 componentes: Componente de Vigilância e Promoção da Saúde e Componente da Vigilância Sanitária. Os recursos de um componente podem ser utilizados em ações do outro componente do Bloco de Vigilância em Saúde, sendo repassados de forma regular e automática do Fundo Nacional de Saúde para os fundos estaduais e municipais de saúde.

A manutenção do repasse dos recursos do Componente de Vigilância e Promoção da Saúde está condicionada à alimentação regular do Sistema de Informação de Agravos de Notificação — Sinan —, do Sistema de Informações de Nascidos Vivos — Sinasc — e do Sistema de Informações sobre Mortalidade — SIM —, conforme regulamentações específicas desses Sistemas.

O Projeto Vigisus é um acordo financeiro entre o governo federal e o Banco Internacional para Reconstrução e Desenvolvimento — Bird —, e é executado pelo Ministério da Saúde, por meio da Secretaria de Vigilância em Saúde e da Fundação Nacional de Saúde — Funasa. O projeto visa a fortalecer as ações de vigilância de doenças no País, assim como a capacidade de gestão dos estados e municípios nessa área. Tem o propósito de viabilizar a realização de análises da situação de saúde da população, a fim de subsidiar a implantação de políticas públicas para a redução de casos, mortes e fatores de risco das doenças e desigualdades em saúde, além do subsistema nacional de vigilância das doenças e agravos não transmissíveis. Além disso, também estão contempladas ações de vigilância epidemiológica e controle de doenças, saúde ambiental e fortalecimento da capacidade de gestão. Os campos de aplicação dos recursos são: infraestrutura, capacitação, desenvolvimento científico e tecnológico e programas de educação e comunicação em saúde.