Na realização dos censos demográficos, a população penitenciária é considerada pelo IBGE como população residente. Assim, essa população está contemplada nos repasses de recursos federais para atenção básica e de média e alta complexidade.
As ações de saúde a serem desenvolvidas no âmbito do sistema penitenciário terão financiamento de forma compartilhada entre os setores de saúde e de justiça, nos três níveis de governo. Para a execução das ações, serão utilizados os recursos do Incentivo para a Atenção à Saúde no Sistema Penitenciário, de que trata o art. 5º da Portaria Interministerial nº 1.777, de 2003¹, cabendo ao Ministério da Saúde financiar o equivalente a 70% dos recursos, e os demais 30% ao Ministério da Justiça. Esse incentivo é um componente variável do Piso de Atenção Básica, que é composto de uma parte fixa destinada à assistência básica e de uma parte variável relativa a incentivos de ações estratégicas da própria atenção básica destinada a populações específicas.
As ações de média e alta complexidade bem como os medicamentos de alto custo deverão ser objeto de pactuação na CIB, devendo estar incluídos na Programação Pactuada Integrada — PPI.
O Fundo Nacional de Saúde realiza o repasse dos recursos provenientes do Ministério da Saúde e do Ministério da Justiça para os fundos estaduais e/ou municipais de Saúde, de acordo com a pactuação celebrada no âmbito de cada unidade federada, que, por sua vez, repassa esses valores para os respectivos serviços executores do Plano.
   

1 BRASIL. Ministério da Saúde; Ministério da Justiça. Portaria Interministerial nº 1.777, de 9 de setembro de 2003. Disponível em: <http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/gm/2003/pri1777_09_09_2003.html>. Acesso em: 2 jun. 2017.