Os repasses à conta do Programa Nacional de Alimentação Escolar — Pnae — e do Programa Nacional de Apoio ao Transporte Escolar — Pnate — são efetuados diretamente aos Estados e Municípios, que devem gerir os programas conforme as normas de funcionamento estabelecidas na legislação pertinente. No caso do Pnae, o Estado e cada Município beneficiário do programa deve criar e manter um Conselho de Alimentação Escolar, órgão responsável pelo acompanhamento e fiscalização da gestão do Pnae no respectivo ente federado ao qual se vincula.
A Diretoria de Suprimento Escolar, subordinada à Superintendência de Infraestrutura Escolar, é o órgão da Secretaria de Estado de Educação responsável por programar e coordenar processos para aquisição e fornecimento de alimentação escolar, dimensionar recursos e definir montante a ser alocado nas diferentes ações do Pnae, sendo também o órgão responsável por apoiar as ações relativas ao Pnate, no âmbito da rede estadual de ensino.
No caso do Programa Nacional do Livro Didático — PNLD —, aos Estados e Municípios incumbe aderir formalmente ao programa. A Secretaria de Educação Básica do MEC recruta especialistas para analisar as obras inscritas no edital e previamente selecionadas pelo Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo — IPT. Esses especialistas elaboram as resenhas dos livros aprovados, que passam a compor o guia de livros didáticos. O FNDE disponibiliza o guia de livros didáticos em seu portal na internet e envia o mesmo material impresso às escolas cadastradas no censo escolar. O guia orienta a escolha dos livros a serem adotados pelas escolas. Os diretores e professores analisam e selecionam as obras que serão utilizadas pelos alunos em cada escola.